故事以 2030 年的千葉縣逃尾市作為故事起點，描述在宛如雜貨屋的「大滝工廠」工作的有川潤，因為某間無人居住的洋房有著神祕氣息而前往調查。與此同時，在研究虛構生物的研究生神野銘，前往調查舊嗣野地區管理局「ミサキオク」接收到的神祕訊號。 　　兩人在完全不同的場所，完全不同的原因所展開的調查，卻聽到了同樣的歌聲？而藉由這歌聲將兩人關聯，全世界將牽扯進難以想像的事件中。孤獨的研究者所留下的謎團、各國相繼出現的怪獸、被染紅的世界。這兩人可以推翻難人類無法避免的未來「哥吉拉」嗎？